Cơ cấu tổ chức
1. Ban Giám hiệu :
1.1. Hiệu trưởng là người đứng đầu, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội và trước pháp luật về mọi mặt hoạt động của Trường
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức đối với Hiệu trưởng do UBND Thành phố quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn nghiệp vụ do Bộ Giáo dục và Đào tạo và Thành phố Hà Nội ban hành và theo quy định của pháp luật.
1.2. Phó Hiệu trưởng là người giúp Hiệu trưởng, chịu trách nhiệm trước Hiệu trưởng và trước pháp luật về các nhiệm vụ được phân công; khi Hiệu trưởng vắng mặt, một Phó Hiệu trưởng được Hiệu trưởng uỷ nhiệm để điều hành các hoạt động của Trường
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức đối với Phó Hiệu trưởng do Giám đốc Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ Giáo dục và Đào tạo và Thành phố Hà Nội ban hành và theo quy định của pháp luật
2. Các bộ phận chuyên môn nghiệp vụ gồm:
2.1. Phòng Hành chính Quản trị
- Tổ Văn phòng - Giáo vụ
- Thư viện;
- Phòng thí nghiệm.
- Tổ Bảo vệ - Phục vụ
2.2. Hội đồng giáo viên
- Tổ giáo viên năng khiếu ;
- Tổ giáo viên tiểu học ;
- Tổ giáo viên trung học cơ sở ;
- Tổ giáo viên trung học phổ thông.
3. Biên chế cán bộ, giáo viên, nhân viên của Trường:
Biên chế cán bộ, giáo viên, nhân viên của Trường Phổ thông năng khiếu TDTT Hà Nội được UBND Thành phố xem xét và giao chi tiêu hàng năm theo đề nghị của Giám đốc Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội ;
Ngoài số giáo viên trong biên chế được giao, Trường Phổ thông năng khiếu TDTT Hà Nội được phép sử dụng một số lao động hợp đồng thoả thuận (nằm ngoài chi tiêu biên chế quỹ lương) để thực hiện nhiệm vụ được giao ;
Giám đốc Sở Văn hoá và Thể thao thành phố Hà Nội phê duyệt cơ cấu biên chế, chức danh tiêu chuẩn cán bộ, giáo viên của Trường Phổ thông năng khiếu TDTT Hà Nội;
Hiệu trưởng Trường Phổ thông năng khiếu TDTT Hà Nội có trách nhiệm bố trí, sử dụng cán bộ, giáo viên, nhân viên phù hợp với chức danh, tiêu chuẩn ngạch viên chức theo quy định Bộ Giáo dục và Đào tạo và Thành phố Hà Nội;